Кланы (一族, "Ichizoku" досл. "Семья") существуют в деревнях и странах Наруто. Под словом кланы, имеются в виду семьи, которые обучивают шиноби и имеют давнюю традицию. Так же они разработали секретные техники, так называемые Хиден, которым обучают только членов клана, некоторые кланы обладают Кеккей Генкаем. По этому кланы шиноби для деревень или стран решающая военная сила.

Изначально, кланы шиноби кочевали между странами и сражались за них за деньги. Эта традиция пришла к концу когда Сенджу Хаширамасоздал Коноху. С тех пор как существует система "Одна-страна-одна-деревня" и шиноби этих стран могут учавствовать в политической и экономической власти, их беспокойная жизнь в прошлом. Теперь кланы составляют элиту деревень, между тем как шиноби, не относящихся ни к одному клану стало больше.